Uma das principais áreas de especialização da JGP é a avaliação e gestão dos impactos e riscos de biodiversidade em projetos de infraestrutura, indústrias extrativas, agricultura e desenvolvimento urbano, especialmente em áreas ecologicamente sensíveis. A experiência da JGP na avaliação de impactos abrange projetos em todos os principais biomas da América Latina, incluindo a Floresta Amazônica, a Mata Atlântica, o Cerrado, a Caatinga, a Floresta Nebular (floresta tropical ou subtropical úmida e perene) e as várias formações de transição altitudinal da Cordilheira dos Andes. 

Na maioria dos Estudos de Avaliação de Impacto para projetos que interferem em habitats naturais preservados, foram realizadas extensas pesquisas de biodiversidade, incluindo inventários de flora e fauna por meio de múltiplas campanhas que abrangem variações sazonais. Esses levantamentos seguem procedimentos de coleta botânica e de captura e soltura de fauna e exigem a mobilização de equipes multidisciplinares. Em conjunto, as pesquisas de biodiversidade da JGP até o momento levaram à identificação de mais de 40 espécies novas para a ciência.

Devido à experiência da JGP em grandes projetos na região amazônica, em diversas ocasiões a empresa mobilizou equipes com mais de 100 profissionais. Essa experiência não é relevante apenas no que diz respeito à capacidade da JGP em executar coleta de dados e pesquisa científica em tal escala, mas também em relação ao conhecimento adquirido no planejamento e organização de pesquisas de campo, que exigem a instalação de acampamentos remotos e muitas vezes dependem de logística fluvial ou aérea.