Em 2002, o Grupo Andre Maggi era o maior produtor de soja do mundo, com uma área total plantada superior a 160.000 hectares no Estado do Mato Grosso, no bioma amazônico. A companhia ainda atuava como uma trading house e era uma das principais participantes do mercado internacional de soja. Para isso, pre-financiava mais de 600 produtores tercerizados. Operava também duas fábricas de óleo vegetal, bem como ativos logísticos estratégicos que incluiam uma empresa de navegação na hidrovia do Rio Madeira e instalações portuárias no Rio Amazonas.
O IFC aprovou um empréstimo para o Grupo Amaggi com o objetivo de financiar sua cadeia de fornecedores de soja. Isso gerou uma reação negativa de ONGs internacionais que entenderam que, indiretamente, o IFC estava financiando o desmatamento da região amazônica. Consequentemente, o IFC exigiu que o Grupo Amaggi desenvolvesse e implementasse um Sistema Integrado de Gestão Ambiental e Social (SGASS) que abrangesse não apenas suas próprias operações, mas também que se concentrasse em procedimentos de governança sobre sua cadeia de fornecedores. A JGP desenvolveu esse sistema executando uma análise abrangente das regiões agrícolas nas quais a soja era obtida. Foram verificadas as práticas agrícolas, as condições de trabalho e os riscos ambientais e sociais. O SGASS incluiu o desenvolvimento de padrões de Boas Práticas Agrícolas (GAP) que, posteriormente, foram incorporados ao padrão RTRS (Round Table on Responsible Soy).
Posteriormente, a JGP apoiou a Amaggi na obtenção da Certificação ISO 14001 para o SGASS e continuou a apoiar a manutenção dessa Certificação até 2009.